カレントテラピー　34-11　サンプル page 9/32

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カレントテラピー　34-11　サンプル

12 Current Therapy 2016 Vol.34 No.111052バー（MG -RAST13））．なども公開されており，これらを利用することで比較的簡便に解析を行うことも可能である．参考文献1） Ley RE, Peterson DA, Gordon JI：Ecological and evolutionaryforces shaping microbial diversity in the human intestine.Cell 124：837-848, 20062） Fraune S, Bosch TC：Why bacteria matter in animal developmentand evolution. Bioessays 32：571-580, 20103） Sekirov I, Russell SL, Antunes LC, et al：Gut microbiota inhealth and disease. Physiol Rev 90：859-904, 20104） Nishijima S, Suda W, Oshima K, et al：The gut microbiomeof healthy Japanese and its microbial and functional uniqueness.DNA Res 23：125-133, 20165） David LA, Materna AC, Friedman J, et al：Host lifestyleaffects human microbiota on daily timescales. Genome Biol15：R89, 20146） Maidak BL, Olsen GJ, Larsen N, et al：The RDP（RibosomalDatabase Project）. Nucleic Acids Res 25：109-110, 19977） DeSantis TZ, Hugenholtz P, Larsen N, et al：Greengenes, aChimera -Checked 16S rRNA Gene Database and WorkbenchCompatible with ARB. Appl Environ Microbiol 72：5069-5072, 20068） Pruesse E, Quast C, Knittel K, et al：SILVA：a comprehensiveonline resource for quality checked and aligned ribosomalRNA sequence data compatible with ARB. Nucl Acids Res21：7188-7196, 20079） Noguchi H, Taniguchi T, Itoh T：MetaGeneAnnotator：detecting species-specific patterns of ribosomal binding sitefor precise gene prediction in anonymous prokaryotic andphage genomes. DNA Res 15：387-396, 200810） Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ：A genomic perspectiveon protein families. Science 278：631-637, 199711） Kanehisa M, Goto S, Kawashima S, et al：The KEGG databasesat GenomeNet. Nucleic Acids Res 30：42-46, 200212） Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, et al：QIIME allowsanalysis of high -throughput community sequencing data.Nat Methods 7：335-336, 201013） Meyer F, Paarmann D, D’Souza M, et al：The metagenomicsRAST server - a public resource for the automatic phylogeneticand functional analysis of metagenomes. BMC Bioinformatics9：386, 2008100806040200（%）Other generaRuminiclostridiumAkkermansiaMethanobrevibacterClostridiales_genusPhascolarctobacteriumCollinsellaButyrivibrioSuccinatimonasStreptococcusAnaerostipesDialisterDoreaParabacteroidesEscherichiaCoprococcusRoseburiaBifidobacteriumAlistipesBlautiaRuminococcusFirmicutes_genusFaecalibacteriumClostridiumEubacteriumPrevotellaBacteroides日本オーストリアフランススウェーデンロシアスペインデンマーク中国アメリカペルーベネズエラマラウイ割合0.000.050.100.150.200.25DNA修復・複製翻訳後修飾脂質代謝グリカン代謝系ゼノバイオティクス分解・代謝系細胞運動性感染症関連ヌクレオチド代謝翻訳系シグナル伝達アミノ酸代謝補酵素・ビタミン代謝膜輸送エネルギー代謝炭水化物代謝系日本人に豊富な機能日本人に乏しい機能＊＊＊＊ ＊ ＊＊＊＊A B図5　メタゲノム解析例筆者らが行った104 名の日本人と，11 の諸外国のメタゲノムデータの比較解析結果．A：平均化した菌組成（属）の階層的クラスタリング日本人の腸内細菌叢は諸外国に比し，Bidfidobacterium やBlautia 属等が特徴的に多く存在することがわかる．また，興味深いことに，遺伝的背景や食生活，地理的な位置などが他国よりも日本人に近い中国人の腸内細菌叢構成が，日本とは大きく異なりアメリカに類似する傾向も認められた．B：KEGG 機能分類による日本人腸内細菌叢の機能的特徴諸外国に比し日本人の腸内細菌叢で有意に豊富であった機能と，有意に少なかった機能の内訳．日本人腸内細菌叢は諸外国に比べ，炭水化物代謝，アミノ酸代謝，膜輸送等に関わる遺伝子群が多く，DNA修復系や細胞運動性に関わる遺伝子が少ないことがわかる．＊は統計学的有意さを示す．〔参考文献4）より引用一部改変〕