カレントテラピー　34-11　サンプル page 6/32

このページは カレントテラピー　34-11　サンプル の電子ブックに掲載されている6ページの概要です。
秒後に電子ブックの対象ページへ移動します。
「電子ブックを開く」をクリックすると今すぐ対象ページへ移動します。

概要：
カレントテラピー　34-11　サンプル

Current Therapy 2016 Vol.34 No.11 91049Ⅱ NGSを応用した腸内細菌叢解析手法NGSを用いた腸内細菌叢解析手法は図1に示すように，大きく分けて以下の3つの流れがある．・メタ16S解析・メタゲノム解析・個別ゲノム解析1　メタ16S解析菌叢中から細菌の系統学的分類指標として汎用される16S ribosomal RNA（rRNA）遺伝子（16S）を網羅的にポリメラーゼ連鎖反応（polymerase chainreaction：PCR）増幅後，NGS で解読する手法である．16S rRNA遺伝子は，すべての細菌種がもつ必須遺伝子であり，菌種間で配列が高度に保存されている定常領域（conserved region）と，菌種ごとに配マッピングメタゲノム解析16Sデータベース細菌ゲノムデータベースNGSNGS16Sデータ…AGCTAAAATTACCGAT……GGATCCATCGTACTTC……TTACAATTTACGATCC……メタゲノムデータNGS個別細菌のゲノム解析腸内細菌叢のDNAメタ16S解析菌種多様性および菌種組成の解析遺伝子データベース機能組成および菌種組成の解析16S可変領域のPCR増幅分離培養菌株のゲノムDNAマッピング図1次世代シークエンサーを用いた腸内細菌叢解析手法V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V927Fmod338R16SアンプリコンリードのクオリティチェックNGSを用いたアンプリコンシークエンシングOTU代表配列の決定相同性検索による菌種の帰属16S rRNA遺伝子：約1.5 kbp 可変領域定常領域Universal Primerを用いたVariable regionのPCR増幅OTU2 OTU6OTUnOTU1OTU3OTU4OTU5クラスタリングによるOTU作成菌種の多様性の解析16S ・ 菌種 ・ ゲノムデータベース形成されたOTUの数と存在量（リード数）菌種組成の解析図2メタ16 S 解析の流れ筆者らが通常用いているV 1- 2 領域をターゲットとした解析手法のフローチャート．